Нет, не возникало. Многие миссии полностью повторяют реальные события, вплоть до количества и типов самолетов в воздухе, и времени начала столкновения или нанесения удара.
Тут не до ветвления, к тому же ветвящийся сценарий в разы увеличивает объемы тестирования.