"Двухканальная частота" - это круто. Это надо запомнить... Это кого так переколбасило: тебя или продавца?
Теория: если один модуль - 333, а другой - 400, то память (вся, оба модуля) будет работать на частоте 333 МГц.
Но.
Возможны варианты, скажем, если модуль 333 может работать без глюков на 400, то частоту ставят 400 и они оба (несмотря на то, что один из них 333-й), работают на 400.
Но.
Если этот 333-й модуль работает на 400МГцах со сбоями, то именно такая штука, как у тебя, и будет.
Вариант: из чего ты вылетал в десктоп? Есть куча приложений, ктоторые так себя ведут, и память может быть вообще не при делах.
Старый блок (333) лучше действительно махнуть на новый (400), для личного спокойствия.
Работать корректно со этим железом два ДДР400 будут. Только смотри, что берешь, чтобы тебе не махнули Kingston-модули на какой-нибудь Hynix.