Кнопка FLY пропадает в двух случаях:
1. Когда уже невозможно вылететь в том вылете, в котором вы стоите. (вылет уже возвращается)
2. Когда в F4-BMS Config Editor включен режим выделенного сервера (Settings multiplayer - MP Server mode отмечен галочкой.)

Если не помогает, лучше переустановить.