Это, пожалуй самая большая проблема Флакона.
В BMS team о ней знают, и обещают бороться, но эта проблема требует больших изменений, если я правильно понял, в самой базе хранящей объекты - а это, как они говорят, очень непросто. Со времени выхода Флакона база значительно увеличилась.

Пока решается так: если возникают фризы во время миссии (чаще всего это первые дни кампании и при возвращении домой). Нажимаешь паузу и ждешь пока не пропадет звук, и так до самой посадки.
Еще помогает, если угроз уже нет, отключение RWR.
Приземляешься, перегружаешь комп - летишь следующую миссию, она может пройти совершенно гладко, фризы не каждый раз появляются.
Чаще фризит на западном побережье в районе Сеула.