Реестру. Что в реестре прописано - то и стоит.
Ситуация же как у тебя бывает, когда забываешь нажать "Apply" в RivaTuner.
В любом случае, бегунки в настройках драйвера, вызываемых через свойства экрана выставляются по значениям реестра, а значит, скорее всего, и отражают реальное положение дел.
Версия RavaTuner - какая у тебя? Старенький?