У меня такая же фигня.
Настроишь, кнопки, летаешь.
На завтра включаешь компьютер - всё опять "по нулям".
я вроде читал, что ето было пофиксено в предидущем патче, поставил патч - то же самое. Пробовал отменять на фолдер Лок Она - рид онли, после перезагрузки компа... опять рид онли. Но такой же гриф - рид онли стоит, например и на MSFS 2002 однако там настройки сохраняются.