Эти настройке лежат в папке IL2/Users/...
Причём папок и файлов будет столько сколько пилотов в списке. И у каждого они свои могут быть. А вот какой выбран текущим (где это хранится) я не подскажу - нет ила под рукой.

С файлов лучше снять атрибут RO чтобы Ил мог в них писать
Настроить все кнопки и атрибута не ставить, так как сама игра их менять не должна.