А сохранять файл conf.ini после изменений пробовал. Иногда помогает .
А как же  . Я еще и открывал повторно чтобы убедиться  .
Объясняю на пальцах  
Сделал как сказал Alezz в conf.ini
Запускаю Ил--2
Захожу в онлайн
Поиграл там маленко (обычно меня сразу сбивают  )
Вышел из онлайна
Вышел из Ил-2
Смотрим conf.ini, и видим что настройки опять стоят по нулям где должны прописаны единицы. А logfile.log просто Log  :mad: