NTFS как делался: форматированием при установке или конвертацией? Если конвертацией, то вот цитата из FAQ по XP:

нужно иметь в виду, что размер кластера после конвертации составит 512 байт, что не очень хорошо на больших разделах, кроме того, диск после конвертации будет сильно фрагментирован.
И такой диск нортоновский дефрагментатор будет лопатить очень долго

А родной виндовый дефраг работает криво - после его работы резко возрастает скорость фрагментации, так как он располагает файлы не вплотную, а оставляет между ними пустве промежутки в несколько кластеров размером. Вообще фрагментация NTFS влияет на быстродействие намного меньше, чем фрагментация FAT, поэтому дефрагментация в большинстве случаев не является необходимой. Сам диски уже давно не дефрагментировал и особого падения производительности не замечал... Диски у меня, естественно, не сконвертированы, а отформатированы в NTFS изначально (на домашней машине у меня уже пять лет, как NTFS).