Облом, жестокое разочарование...
Прозрачное окошко замечательно работает.
Прозрачное окошко замечательно работает always on top поверх обычных виндовых приложений.
Непрозрачное окошко замечательно работает always on top поверх игры.
Прозрачное окошко не работает always on top поверх игры.
Винда автоматически перерисовывает прозрачное окошко каждый раз, когда перерисовывается что-то под ним. У меня игра делает это 30-40 раз в секунду. Соответственно на экране видно только какое-то мельтешение вместо прозрачного окна. При этом резко падает fps, т.к. видеосистеме приходится делать двойную работу.