Попробую изложить...
1. Присоединяеш программатор с присоединеной АТМега к LPT1. При этом микросхема должна иметь питание +5В. Я ее програмирую просто включенную в УСБ.
2. Запускаеш PonyProg. При первом запуске он предлагает сделать калибровку по скорости твоей машины. Делаеш это. Или Setup->Calibration.
3. Делаеш Setup->Interface Setup... как было показано выше.
4. Делаеш Device->ATMega8 как было показано выше.
5. Открываеш mjoy.hex с File->Open Program(FLASH) File...
6. Програмируеш микросхему с Command->Write Program (FLASH)
7. Програмируеш биты с Command->Security and Configuration bits... Там ставиш опции как показано на скриншоте и жмеш Write.
8. Закрываеш PonyProg, отсоединяеш программатор и включаеш свой мегаджойстик в USB (или выключаеш и снова втыкаеш обратно).