1. Клей так, чтобы клей не вылезал. В любом случае скрайбером восстанови расшивку. Я лично делаю это иглой (спец. заточка:-), потоп прохожусь нулевкой. И все чики-чики. Единственное. Если восстанавливаешь расшивку - восстанавливай всю, т.е. веди линию от начала до конца, а не в середине только, допустим. Плюс симметрию соблюдай. Провел с одной стороны от шва (внизу фюзеляжа, допусттим), проведи с другой, тю.к. после покраски будет видно.
2. Насчет фонаря. Его клепают в конце, чтоб красой не изгадить. Если имеет место неплотное прилегание к корпусу, его надо устранить шпаклевкой до покраски (нарастить поверхность т.е.). Потом крась. Фонарь крась отдельно. Клей его осторожно, но не боясь. Рекомендую еле заметным слоем циакрина (суперклей).

Вообще сделай себе нормальный инстремент для нанесения клея (у меня тоненькая малельная отвертка - с нее клей зажигалкой убираю периодически). КлирФикс не для склеивания, по-моему. Удачи.