По поводу меги 48. На самом деле это обычная мега8 сделаная по новому тех.процессу(0.25 вместо 0.35), с отбракованной половиной памяти.
Поэтому дешевле. Все программаторы что умеют програмить Мега8, апвтоматически умеют програмить и Мега88/48. Только для Мега48 надо самому следить за памятью, чтобы предел не привысить.
http://efo.ru/components/atmel/tables/avr.htm

Цены:
http://efo.ru/doc/Atmel/Atmel.pl?530

По поводу осей и кнопок.
Имхо больше 6-8 осей в одном устройстве извращаться не сильно-то эффективно.
Дешевле повесить еще одно устройство на УСБ.
Второе - по кнопкам. Любой 8-10 битный АЦП легко превращается в 16 кнопок.
Достаточно собрать последовательно цепь из резисторов каждый из которых вдвое больше предыдущего. А кнопки будут просто его шунтированть(закорачивать) вот тебе и минимум 8 независимых кнопок на 1-ой ноге джоя.

Про направление развития/удешевления/унификации.
Есть такой хороший АВР - Attiny26. Если у него перепрограмить ногу РВ1 как ИНТ0, то получается контроллер УСБ с 8 АЦП. А это 5 осей (тангаж,крен,раддер,2газа или шаг/газ)+2 хатки+16 кнопок. В 20-ногом корпусе. 8 байт дескриптор.
Легко поместится в спичечном коробке :-)

Про средства отладки для АВР - симулятор, с возможностью эмуляции внешних деталей (включая виртуальные осицилограф и генераторы сигналов) :
http://www.amctools.com/
если кто хочет ковыряться для себя для дома в АВР - маст хэв однозначно.