Virtual Dub (бесплатная программа) может лечить эти битые AVI, сохраняя затем в нормальном формате. Лучше выводить в uncompressed кусками, затем Virtual Dub'ом жать в DivX с высоким битрейтом и двумя проходами. Если требуется высокое качество и есть лишних 25-60 Гигов - забирать куски в видеоредактор и из него сохранять в DV или MPEG-2 (меньше объем при сравнимом или даже лучшем (!) качестве, но тормознее монтаж). Потом монтаж и снова пережатие проекта с нужным качеством.