В общем, да. Я так и делаю -
1. сохраняю все нужные профили юзверей в системе (пуск - программы - стандартные - служебные - Мастер переноса файлов и параметров);
2. убираю с системного диска всё, что мне нужно, на другой диск;
3. устанавливаю винду, загружаясь с компашки - при этом быстро форматируя системный диск;
4. далее вношу в систему сохраненные профили пользователей, ставлю всякие сервис паки, дрова и т.д.