...имеются ввиду потери на размер кластера? Тогда при больших объёмах на эту неэффективность положить. Когда винт более 100Гб - уже не имеет значения. Тем более, еслди там лежат фильмы и музыка - тогда вообще почти не роляет, поскольку чем меньше маленьких файлов, тем меньше будут и потери.
Мало того, в NTFS с этим дело не особо-то и лучше.
А со скоростю вообще дело просто: если памяти меньше 512 Мб - FAT32 рулит без вариантов. Если больше - по скорости FAT и NTFS почти равны (в чём-то более, в чём-то менее).
Так что на мой взгляд, единственный весомый недостаток FAT - ограничение в 4Гб на файл, что в век DVD - суть погано. Но если не собираешься копировать на винт DVD-фильмы, то всё пучком.
Ну, а про надёжность - уже спорили, всё уже схавано и выкакано...