Ну и я свои 5 копеек вставлю за ntfs. Вопросы конверта - это вообще-то не аргумент, т.к. выполняется один раз и достаточно шустро (если не включать опцию протоколирования на экран. Впрочем, и с экранным выводом тоже терпимо).

Вообще же тема на уровне "нравится - не нравится". Некоторое падение производительности дисковых операций все-таки быть должно, стабильность просто так не дается. Другой вопрос - настолько ли оно серьезно и можно ли этим пренебречь в конкретной ситуации. И окупается ли это падение производительности повышенной надежностью работы. Видимо, да.