Дело похоже в чём-то другом.
При запуске sfclean.exe пишет: "No protection drivers found to remove."
Ил2 по прежднему пишет: "Ил2 Штурмовик уже установлен." [ok] досвидание...

Может setup.exe можно с определёнными ключами запустить?
Что ещё может быть кто знает?