Какие Вузы Санкт-Петербурга (сам я из Питера) или Москвы выпускают пилотов (военных)
   

Зайди сюда: http://195.34.2.217/vuz.html
Это список ВВАУЛ которые существовали при СССР. Сейчас половину из них расформировали, а половину объединили в различные институты. Поищи сам через поисковики что осталось, а что нет. Или в военкомате спроси.

Так что если хочешь стать военлётом придётся учится далеко от дома.