Про AVRprog ничего сказать не могу, я лил PonyProg'ом. По поводу битов - ну тут давне все обсуждено, просмотри всю ветку.
О развязке диодами. Мысль про конденсаторы и "подсадку" я вообще не понял. Я у себя развязывал кремниевыми транзисторами (ну мне так оказалось удобнее, исходная схема MeanDog и вторая версия программы) - считай, те же диоды в данном случае. Плюс к этому некоторые входные линии микроконтроллера "подтягивал" к +5V резисторами на 39 кОм. В принципе, это достаточно индивидуально получается - топология монтажа и особенности шлейфа от контроллера к РУС/РУД. Кусочек своей схемы кнопок с диодами я тут уже рисовал, не поленись посмотреть.