Мне кажется что танцевать надо от унификации, надежности и цель - выпуск готового решения к которому достаточно подпаять провода, а не конструктора с которым надо еще возится делая его прошивку и доводить его до ума. В отличии от ATMega8 USB Controllers AT43USB355 изначально поддерживает USB шину, есть большое каоличество ЦАП для осей, встренный таймер, память для прошивки...
Я не рюх в электронике, но вот источников ВЧ наводок на джойстике где стоят резбки и кнопки но в упор не вижу... Изготовление довполнительных контроллеров на мой взгляд не оправдано ни экномическими, ни техническими причинами, так как увеличивается стоимость изготвления (экномика), не в любой джойсти можно поставить платку отлеьного контроллера РУС РУД (техинческий) и увеличиение числа компонентов приволит к снижении надежности... Еще рах говорю, речь идет о промышленном а не любительском изделии, готовым к установке и конфигурирванию собственными драйверами...