HardwareShaders=1 - включает шейдерный режим. (вода переливчатая)
HardwareShaders=0 - выключает. (вода плоская)

ВЕРСИИ шейдеров это никак не касается. Версия 1 может быть принудительно включена в ПХ параметром ForceShaders1x=1.

Water=0 - самая простая шейдерная вода
Water=1 - чуть красивше
Water=2 - еще чуть красивше
Water=3 - самая красивая.