У меня было такое. Решается достаточно просто - поменяйте местами джойстики (в смысле usb - штекеры переподключите), Ил воспринимает тот, который первым записан в устройствах (у всех usb входов свои номера). А если не вдаваться в подробности, то в панели управления в свойствах игровых контроллеров первым должен идти джой, а за ним геймпад. И будет вам счастье