Ты наверное не все прочитал так как такая мысль уже много раз появлялось у многих людей здесь в этом форуме.
Насчет програмы -это сделать на одном микроконтроллере на котором реализуетса УСБ нелзя. Это потому что обработка УСБ должна иметь высший приоритет, а считывание оси в это время пропадало бы. Это вызывало бы "проскальзывание" осей. Плюс опрос осей должен происходить очень очень часто чтобы избежать этого "проскальзывания" если юзер двинет ручку очень быстро.
На отдельном специализированном контроллере это было бы возможно. Наверное лучший контроллер для этого это сам контроллер мыши. Получаетса что надо подключать ПС/2 мышку к МДжою. Прикольно, но возможно

Но вот готовы ли вы делать для этого шестеренки я неуверен...