Можно из истребителя бомбер сделать. И неплохой бомбер. Пример? Да тот же Ju-88! Кто не знает - он-то сначала проектировался вовсе не как бомбер, а как многоцелевой (читай - истребитель-бомбардировщик-штурмовик). А бомбером стал как и Пе-2 - по необходимости. Кто интересуется - прошу на http://www.airwar.ru/enc/bww2/ju88a1.html
Простите, вы же сами написали что он проектировался как МНОГОЦЕЛЕВОЙ самолёт, а не как истребитель, с какого фига же писать что его из истребителя переделали?

У Пе-2 была одна самая большая проблема - слабые двигатели. Ну и падение качества в серии, разумеется. На одном двигле машина в горизонте держаться не могла. Это, конечно, ОГРОМНЫЙ недостаток. Но в остальном - она была вполне на уровне. Все баки протектированы и снабжены системой нейтрального газа. Пилоты защищены броней. Все управление максимально электрифицировано. Мощное оборонительное вооружение и хорошие углы обстрела, особенно сверху (у модификаций с башенной турелью, они с 1942 в серию пошли).
У Пе-2 действительно был только один большой недостаток, и это совсем не двигатели, и даже не падение качества производства, а неудачный прфиль крыла, который Петлякову подсунула ЦАГИ, неудачный даже для истребителя, потому что выигрыш в скорости давал минимальный(несмотря на боьлшие надежды которые на этот профиль возлагались), а уж для бомбардировщика прямо скажем неприемлимый, потому как сильно урезал возможности самолёта на малых скоростях. В 43 Мясищев нашёл полувыход из ситуации, но сама проблема осталась нерешённой до самого конца войны. Кстати про то то Пе-2 вообще не мог лететь на одном моторе - можно источником этой информации поинтересоваться?


Про недостатки ВК-105 уже писано-переписано (смотри наш тред по поводу самолетов Яковлева). Этот двигатель уже для 1942 года был однозначно слаб. Отсюда и все проблемы нашей авиации и споры, не утихающие по сей день.
ВК-105 конечно не лучший двигатель 42 года, но это не повод заявлять что все беды нашей авиации от него. Для своего времени этот двигатель был вполне на уровне, уступая лучшим образцам лишь в высотности, а например тот же Аллисон был даже хуже. Другое дело что в 42 появилось новое поколение двигателей - DB-605, RR Merlin'ы 60-ой серии, с которыми ВК-105 конкурировать уже не мог, для них должен был быть конкурентом  ВК-107, но увы запустить в серию его не смогли.

Попытки установить на Пе-2 АШ-82 не увенчались успехом по не вполне понятным причинам - скорее всего имело место обычное головотяпство и волокита (вот тебе и эффективность совка даже при кризисных обстоятельствах - по большому счету, директорам заводов кроме вала все было по барабану).
Какое головотяпство, какая волокита? Были Пе-2 с АШ-82, летали они, в том числе и на фронте. Просто переводить всё производство на новый тип двигателя, для которого уже был свой "потребитель" не было смысла. А то  АШ-82 очень на многих самолётах пробовался, (тот же Ил-2), благодатная дорога для пустого сотрясения воздуха по поводу того что их так и не пустили в серию.

Пробовали ставить ВК-107, но этот двигатель вообще стал бичем нашей авиации - сам не пошел, а зарубил ВК-106, который хоть и уступал ему, но был гораздо надежней и технологичней, являлся непосредственным продолжителем линии ВК-105, только большей мощности (1350 лс на форсаже) и более высотный. Если бы он был бы установлен на Як-3... Но это, впрочем, уже тема другого треда.
ВК-106 превосходил ВК-105ПФ2 не настолько что бы выдавать его за вундерваффе. И именно по этой причине он не попал в серию, слишком долго его доводили, за это время М-105 слегка "подрос".