У Пе-2 действительно был только один большой недостаток, и это совсем не двигатели, и даже не падение качества производства,

ВК-105 конечно не лучший двигатель 42 года, но это не повод заявлять что все беды нашей авиации от него.  
Остынь, барсук, - медведь пришел!
Насчет профиля крыла - это общеизвестно. Скоростной профиль Пешки, унаследованный от истребительного прошлого, приводил к срыву потока на выравнивании. Пытались лечить предкрылками, но как всегда - на экспериментальной машине все путем, а как надо было в серию пущать, так сразу неувязочки - и технологию переделывать слегка надо, и план можем сорвать, и вал тогда загнется, и вообще... Короче, так оно и закончилось. Двигатели АШ-82 по моей информации (неплохая была статья по Пе-3 в АэроХобби, не помню год и номер) стояли только на эксперниментальных машинах (Пе-2 и Пе-3), и страдали множественными недоработками. В сколько-нибудь серьезном количестве не выпускались. Путилов, директор завода, отвечавшего за выпуск Пешек, пытался совершенствовать машину, но его резко одергивали - план, понимаешь, горел. Путилова сняли, вместо него поставили Мясищева. Тот тоже рыпался, но вскоре притих - из-за падения качества самолетов в серии они перестали держать горизонт на одном двигле. Так что свое особое мнение ему стало иметь опасно, учитывая судьбу предшественника.
Повторюсь, ГЛАВНОЙ проблемой ВСЕХ наших самолетов были двигатели, которые не могли конкурировать с немецкими. Ну и изначально кризисные условия производства, снижавшие качество базовой конструкции.
Про ВК-106... Его мощность на форсаже лишь немного больше ВК-105ПФ, но высотность существенно лучше. В 1942 он был готов к выпуску. Были даже планы замены двигателя на новый прямо в войсках, на уже выпущенных самолетах. К сожалению оказалось, что для этого необходимо доработать систему охлаждения, и от идеи отказались. Решили не размениваться на мелочи и сосредоточиться на ВК-107. С известными последствиями...