Генерируете компанию, запусакете.
Играете. После того как прошли одну миссию выходите из Ил-2 и генерируете следующую миссию. Загружаете Ил-2 играете. Далее повторяете.
Фактически в каталоге компании всегда находится одна миссия - текущая. Поэтому, генерировать компанию надо сразу после прохождения иначе, насколько я понимаю, log-файл иззменяется.
А в общем генератор, какой-то непонятный - по крайней мере исторического реализма мало - 1945 г  4 Ил-2 против 4..8 истребителей притом без прикрытия.