Если есть возможность, то, в принципе стоит переходить на PСI-E. Я думаю, что доля АПГ карт на рынке будет уменьшатся и через несколько поколений АГП может (!?) отмереть. Хотя, насколько я знаю, и АГП 8х не используется по шине.
Вопрос насколько далеко ты готов пойти.
Иногда можно и оставьть АГП карту, которая еще пару лет будет актуальна, а потом махнуть все разом на более новое.

Но, в любом случае, если не напряжно ждать или тратить денег, то PCI-E, мне кажется разумней.

Хотя я вот например зажал денег на новую карту и взял AMD64+Nforse 3 250 на АГП. Подожду немного и махну перекочевавший с предудущей тачки ЖФ4 на что-нибудь потолкове. Думаю, меня эта производительность устроит.