Вероятно так.
Статистическими методами: используя документальные данные.
Сбор информации осуществлялся, вероятно, "снизу вверх", т.е. от лётчиков - донесения после боёв, там комэски к комполка, комполка к комдиву, тоже донесения документально оформленные, и т.д. Во время и после войны эта информация стекалась в какой-либо орган (военно-стат. управление например) либо по линии штаба ВВС либо Ставки.
Архивы частей, соединений, их ЖБД и пр. обрабатывались, естественно, так получалась общая картина.
Если к делу подходили по науке, могли при подсчёте и анализе учитывать ошибки, погрешности, накладки.
Всё что вроде сводок Информбюро - анализировать критически, ибо - пропагандисткий фактор.
Групповый победы обрабатывались при учёте как-то, отлично от других.
Определённое отношение к учёту могла иметь разведка, в т.ч. стратегическая: учёт сил и возможностей противника, баланс наших и их сил.
Вот такая вот ламерская версия.