Поверх ничего ставить нельзя. Работать не будет. Есть менеджеры различных версий, но они работают только в узких пределах (патчи 2.хх, 3.хх). Если вы хотите иметь несколько версий на машине, то они не должны быть привязаны к реестру.
Т.е. в вашей ситуации проще сделать так (если позволяет место на винте):
1) Скопировать установленную версию 3.хх в другое место
2) Деинсталлировать 3.хх
3) Поставить Ил-2:ЗС+1.22
4) Скопировать установленную версию Ил-2:ЗС+1.22 в другое место
5) Деинсталлировать Ил-2:ЗС+1.22

Получаем две разных версии не привязанных к системе.