Миссии просто нужно создавать более коректно, чтобы к тому моменту, когда нужно быть комэском, играющий мог эту должность уже получить; либо не делать таких миссий, либо предупреждать в readme, что начинать надо майором/полковником и т.д.
Вон в "Барбароссе" примерно так и сделано, миссий ок. 200 к ~50 по-любому до ком. звена дослужишься.