Могу предположить как вариант. У меня подобное иногда происходило. Все дело было в установках на "засыпание" винта (было 15 минут). Поставил их на 30 минут. Все, вроде хвататать стало, за это время почти все игровые ситуации произойти успевают.

Конфигурация почти как в исходном топике, тольок дурон 1000.
Win98SE

Описываю, что и как, сами смотрите подходит вам или нет.
Значит так. Задержки появлялись только тогда, когда супостат, например взорваться решил. В этот момент, все замирало, просыпался винт (слышно по звуку раскрутки), а затем, через секунду - две, быстрая прокрутка взрыва и варп на новое место, куда успел пролететь. Причем, играл уже минут двадцать.

Объяснение простое.
Памяти много, поэтому к винту игра не обращается. Через 15 минут винт засыпал (ведь к нему же никто не обращается). За это время я успевал положить несколько вражин, но без взрывов. Потому и в игровом кэше текстур для взрыва нет. Ну не нужна она была, потому со временем и вынеснена была. А когда понадобилась - винт спит. Поэтому и задержка на его пробуждение требовалась.

У меня так. Повторюсь,  вылечил увеличением времени на отключение винта для "отдыха".

Поправил сразу как в биосе так и в виндах.