Да такие тормозки может вызвать что угодно. Интуитивно: это должно быть что-то, периодически влияющее на скорость передачи по USB.
Либо программа/сервис (Reset5? Кошмарский? Сканерный twain? Принтерный агент в памяти? Видеодрайвер - версия?)
Трудно советовать, не зная, что уже предпринято для решения проблемы. Насоветуешь - окажется всё уже проверено...