У меня во время КУ что-то подобное случилось - начал все подряд файлы заменять. Глюк в системе, по-моему, доступ к этим фалам перекрылся, и лаунчпад не смог их проверить, а потому начал новые закачивать.

Как лечил - не помню. Вроде, перезагрузка и проверка диска на предмет ошибок, после чего всё стало нормально.