У наших - не должно. А у американских, к примеру, флаг на корме несётся и на ходу, и на стоянке. Так что, если речь идёт вообще о фотографиях кораблей второй мировой - то Вы могли и видеть флаг на корме. Или, если наши, то это гражданские суда - в торговом флоте флаг тоже поднимается на кормовом флагштоке (государственный, естественно, а не военно-морской).
Если я правильно помню это была фотография Евгения Халдея(издавался в середине 80 фотоальбом его военных фотографии, может у кого есть, кинет это фотку сюда), на СФ на катере( МО имхо) идет десант, фотография вообщем-то десантников на корме, сделана от рубки, но в центре на корме  явно полоскается флаг ВМС. Может на катерах и на корме держали (второй вариант спецально для фотографии вывесили? хотя маловероятно) ?