Я так думаю, что если и винт и сидюк ты полностью запитаешь от одного блока (там же два напряжения питания +5 и +12), а матерь от второго - то просто включай первым блок винтов/сидюка и все. Хотя возможно, что разница в полсекунды-секунду не повлияет (как там БИОС начнет опрашивать периферию?)

И еще раз - думаю, что обязательно нужно выровнять потенциалы "земли" соединением корпусов (а может и "земляных" проводов тоже). Иначе по проводам земли в разъемах потекут уравнивающие токи - хз какими они будут и к чему приведут.