На счет пройденных патрулей не беспокойся. Главное сейвы куды-нибудь скопируй в другое место. Патчи игру до 1.4b (как где то тут описано), и начинай с сохранения твоего последнего патруля только с базы, а не в море... Если у тебя пиратка не патченная все равно шанс велик что будут вылеты в "форточки", т.к. при наличии контактов почти всегда вываливалось до того как пропатчил. Как пропатчишь может все и исправится. А если нет, (какой у тебя кстати на дворе год?) может порт просто в данное время захватывается, и поэтому временно недоступен. Такие случаи у меня были.
А вот на счет боевого соединения, скорее всего кораблики пропадут, т.к. зачастую они генерятся рандомно. Есть конечно моды где статические маршруты есть, но раз уж ты отписал что никаких модов не ставил... Скорее всего опять не встретишь, хотя может и...

Одним словом попробуй пропатчить, это не сложно, а плюсов вагон и тележка.

С уважением...