А действительно так принципиально все хранить в files? Карты ведь разбили и 3d тоже. И, насколько я понимаю, часть информации о самолете все равно в 3do лежит?
Проблема не в том, что и где хранить, а в порядке подключения объектов к игре. Грубо говоря, при неправильном порядке установки патчей (если даже все заработает) у вас может оказаться, что вместо Пе-2 в воздухе летает какой-нить скандинавский домишко. Это я, конечно, утрирую, но только для облегчения понимания проблемы.