Нехристиане при Константине и его сыновьях были ущемлены в некоторых правах, земли языческих храмов передавали христианским, в судах часто присуждали победу христианам, даже если они были неправы. Юлиан восстановил равенство. Историки-христиане пишут, будто он отнимал землю и храмы у христиан - но это ложь, поскольку он лишь восстанавливал прежний порядок, приказав вернуть то, что было прежде взято. Там, где на месте языческого храма была построена христианская церковь, её надлежало уничтожить и восстановить прежний храм за счёт тех, кто его ломал. Имущество, растащенное по домам христиан, приказано было вернуть язычникам. Писали, что из разных уголков начали плыть корабли, груженые мрамором и статуями, похищенными христианами. Государственные субсидии христианскому духовенству и инвестиции в строительство новых церквей были отменены, а деньги перенаправлены на восстановление языческих храмов. Все эти меры были справедливы - но христиане принялись громко возмущаться и проклинать императора. Юлиан на это не оскорблялся - по привычке, он оставался спокойным, как бы его ни ненавидели.
Кроме того, Юлиан отобрал у священников судейские полномочия, запретил им заверять в качестве нотариусов завещания и другие документы, присваивать чужое наследство и переписывать имущество на себя. Предоставление таких прав было грубейшей ошибкой христианских императоров, потому что тем самым церковь начинала сращиваться с государством.
Юлиан не преследовал христиан, но он призывал изменить веру, и давал привилегии тем, кто возвращался в язычество. Таких людей было тогда много.
Надо сказать, что Юлиан не лишал христиан своей защиты, например, в то время некоторые чиновники часто посылали принесшим обет безбрачия священнослужителям девушек, чтобы потом шантажировать их угрозой открытия таких визитов, но Юлиан строго наказал тех, кто был уличён в такой практике.
На самом деле, настоящие христиане, живущие в соответствии со своим учением, могли не бояться императора - идти к истине другими путями, вот и всё. Мало кто знает, но среди высших командиров армии Юлиана было достаточно много христиан, которые вполне уживались с "Отступником". Проблемы возникали только у фанатиков, у тех, кто не умел уважать чужую веру, у тех христиан, чьи дела расходились со словами, у церковных иерархов, недовольных потерей власти. На самом деле поведение Юлиана было даже более христианским, чем у его врагов. Он оставался спокойным и не оскорблялся их поступками - они бесновались от ненависти и изрыгали бесконечные проклятия. По приказу Юлиана при языческих храмах создавались приюты и детские дома, где помогали всем, независимо от веры - а христиане, хоть и кичились своим милосердием, помогали только единоверцам и плевать хотели на страдания других.
Тем не менее, несмотря на терпимость Юлиана и стремление к мирному сосуществованию, постоянно возникали конфликты. Так, единственный случай, когда Юлиан действительно наказывал христиан - это издание указа по поводу беспорядков в Эдессе. После того, как христиане там устроили вооружённое нападение на валентинианских гностиков, Юлиан язвительно сказал, что без богатств христианам легче войти в царство небесное, а потому приказал отдать деньги, накопленные церквями Эдессы, солдатам.