Ответы (спасибо UIV за разъяснения )

1) Все устройства управления подключаемые по USB имеют некий уникальный идентификатор VID/PID. Ил-2 в окне "Устройства ввода" показывает настройки только одного устройства, которое имеет наивысший (или наинизший, неважно) VID/PID. В моем случае, ВКБ-педали перебивают MS FF2, а Logitech перебивает их всех Все равно настройки берутся из conf.ini, так что настраивать кривые отклика можно и через il2connect.

2) Калибровочные данные хранятся в реестре Windows. DXTweak позволяет посмотреть и изменить (подправить их) если нужно. Когда данные с джойстика поступают в Ил-2, они обрабатываются согласно кривым отклика из conf.ini