Не юзал я двухядерники, но мыслю так - если есть возможность, то выделить одно ядро только под ила, все системные процессы и сторонние проги - на втором ядре. В этом случае ты много выиграешь. Если не разносить спецом, то ты тоже дожен выиграть сколько-то. Если даже только тимспик и софт палки не будут илу мешать, работая на другом ядре, то производительность обсчета вырастет.