Что-то здесь не так:
Если я правильно понял, то если в конфиге ничего не менять, то всё пашет.
А что меняем?
Если что-то несущественное, то что будет, если запустить Il2Config.exe и выставить там дефолтные настройки? Запустится?
А если вообще удалить conf.ini, запустить Il2Config.exe, скинуть всё на дефолт (создастся новый conf.ini) и запустить?
А если мой конф.ини поставить - запустится?
А что-нибудь типа антивируса не висит в памяти?
А если последний патч всё же развернуть поверх - запустится? Да? А если после этого в конфиге покопаться?
Короче, непонятны твои действия для решения проблемы. Что предпринял?