да ничего такого не надо делать. у меня вот к примеру три разные версии стоят - 1.0r, 3.04 и текущая 4.04. в разных папках (и на разных дисках). и все работают, не мешая друг другу. программа-то написана нашими людьми ее можно запросто переносить простым копированием с компа на комп и она прекрасно работает. может, она чего и пишет в реестр, не знаю, но факт тот что все работает! так что смело вперёд, на мины!