Если русская версия:

HKLM/Software/1C/IL-2 Sturmovik/path

Значение, например: "d:\il2"

Вообще то если он не нашел, он спросит, а не спрашивает скорее всего потому, что шибко умный - пишет это еще и в:

HKCU/Software/Starshoy/IL2Gen/Directory

Поэтому проблема возникает именно при переустановке Windows или переносе игры. Ну и у пиратов, чуть чуть.