Это ты уже слишком далеко смотришь.
А вообще есть мнение - стандартизовать для обоих версий командера вызов сторонних программ для обработки результатов вылета и генерации миссии. Напрячься и сделать чтото одинаковое. Есть мнение, что XML Для этого подходит больше всего.
Хотя я тут сильно сомтрю в сторону скриптов 8-).