В том, что у них по сути разные контроллеры.
Контроллер мыши априори отсчитывает положение как X+-N, Y+-M. Его не волнуют абслоютные координаты, он выдает лишь смещение от последней точки. Дрова от мыши делают то-же самое. Т.е. тебе надо писать свои дрова, которые будут считать смещение и переводить все на ось. Или делать свой контроллер. А это равнозначно отказу от использования "родного устройства" и мы плавно возвращаемся к (например) USB контроллеру MeanDog'a и датчикам Холла.
