Пара мыслей по поводу...
Первая. Вариант 2, имхо, более предпочтителен, как соответствующий реальной раскладке конкретного пилота и логически обоснованный. Зачем крутить настройки того, что не использовано в игре? Опять же, чем больше устройств, тем больше вероятность запутать бедного пользователя...
Вторая. Вытекающая из первой. На твоем скриншоте написаны не только названия осей, но и их смысловые нагрузки. Например, ось U - шаг винта. Не факт! Ведь пилот волен навесить на эту ось другой орган управления. Или ничего не навешивать. А шаг винта реализовать кнопкой, а не осью... Логично?

Согласен, вариант 2 кажется более сложным в реализации (по крайней мере, в первом приближении). Зато он, как у них говорят, more challenging.