Affinity для того, чтоб Ил не мыкался между виртуальными процессорами, а сидел строго на одном. Иначе (как было замечено не с HT, а с двухядерниками), Ил не везет.
С другой стороны, HT позволяет другим прогам в системе крутиться без помех Илу.
Я HT выключал, получается чуть хуже, особенно когда всякие Файрваллы и Антивирусы и тд.
Все мое ИМХо конечно.