Хоть FAQ пиши...
Проблема возникает исключительно из-за того что ты используешь файлы сохраненной игры от версии 1.4. Из за увеличенной крейсерской скорости, автопилот сходит с ума. Но правда если ты полетаешь без автопилота с часок (когда все текущие миссии завершатся) - все войдет в норму.