Вообще, все эти вопросы очень подробно и доходчиво описаны в новелле Action Stations.

Вкратце дело было так:
Примерно до начала 27 века флоты и килрати и Земной Конфедерации использовали в боях классическую тактику морсокого боя начала 20 века. Основу флотов составляли тяжёлые линкоры и дредноуты, решающим фактором были можность пушек, крепость брони и мощность генераторов защитного поля.  Фактически корабль мог быть неуязвимым, если огонь противника не мог "пробить" его защитных фазовых полей. Потеря энергии на отражение лучевого удара или термоядерного (аннигиляционного) взрыва ракеты восполнялась за счет мощных генераторов полей, запитывавшихся от главных реакторов. До тех пор, пока реакторы работали, корабль был защищен и мог вести огонь своими орудиями и пр. Добиться успеха можно было за счет умелого маневра, координации огня нескольких кораблей по одной цели и пр. В этих условиях от капитанов кораблей того времени требовались мастерство старых морских капитанов  и великие адмиралы того времени владели этим искусством лучше всех. Истребители, бомберы и др. "мелочь"  естесственно не могли обеспечить мощный огонь и использовались весьма ограниченно: разведка, ПВО (сбивать вражеские ракеты и торпеды) и пр.
Всё изменилось в 2634, когда килрати провели первую успешную атаку с использование торпед, способных преодолевать защитные поля цели. Торпеда вычисляла алгоритм изменения фазы защитных полей и преодолевала их, нанося удар сразу по цели (корпус и броня корабля или наземной цели). С помощью таких торпед 2634.235 килрати уничтожили крупнейшую базу флота Конфедерации в секторе Вега (система МакАулифф) и весь 6-й флот, расквартированный там. Торпеды разрушили 8 реакторов, подававших энергию защитным полям базы и затем спокойно уничтожили "голые" линкоры и пр., стоявшие в доках. Только после этого столкновения в руки учёных конфедерации попали образцы таких торпед и к началу 2660 они стали на вооружение КС Конфедерации.

С этого момента изменилась и доктрина строительства флота: тяжёлые линкоры потеряли свое преимущество, поскольку могли быть легко уничтожены звеном бомбардировщиков с новыми торпедами на борту (под прикрытием истребителей естественно). Авианосцы стали доминировать во флотах, истребители и бомбардировщики стали основной ударной силой. Со временем технология шагнула дальше и уже не только бомбардировщики но и тяжёлые истребители (типа F-57 Sabre, F-108 "Panther" стали способны нести такие торпеды.

Ну а по поводу времени наведения торпед, всё еще проще  : ей необходимо время не только для захвата цели, определения траектории и пр. баллистики, но и для расшифровки алгоритма фазового пля. В 2660-х появились новые защитные поля, постоянно меняющие свои фаз. характеристики, поэтому время на наведение увеличилось ещё чуть больше.